Student Filozofické fakulty Univerzity Karlovy Jan Palach se upálil v roce 1969 na protest proti rezignaci lidí na vývoj společnosti po okupaci Československa vojsky Varšavské smlouvy.
Rodný dům byl předělán, prochází jím takzvaná hrana zla, která se symbolicky zastavuje o stůl, jenž je poctou Palachově rodině. Hranu tvoří velký kovový hranol. Okna budovy jsou zatemněná, ven lze nahlédnout jen malými špehýrkami. „Je tam torzo schodů, které vedly k pokoji Jana Palacha,“ řekla spoluautorka památníku, architektka Pavla Melková.
V druhé, nově postavené části památníku, jsou autentické předměty, které měl s sebou Jan Palach 16. ledna na Václavském náměstí v Praze ve chvíli, kdy se zapálil. Jsou zde i multimediální obrazovky s historickými fakty a souvislostmi. Promítat se zde bude i dokument, který připravila dokumentaristka Olga Sommerová.
Otevření památníku bylo původně plánováno na srpen, kvůli stavebním komplikacím a pozdější dodávce některých komponentů bylo odloženo. I proto, aby se podařilo sladit program hostů dnešního otevření, byl termín plánovaný původně na září posunut na dnešní den.
Opuštěný Palachův rodný dům, který byl postaven v roce 1929, koupilo Národní muzeum v roce 2014. Následovalo vypsání architektonické soutěže, zpracování projektu a vypsání tendru. Kvůli nezájmu stavebních firem jej muselo muzeum vypsat čtyřikrát, než se podařilo najít zhotovitele úprav a expozice. Práce začaly loni v srpnu.